Un arrêt de travail, et tout s’arrête ? Pas forcément. Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) prennent le relais et amortissent la chute de revenu — maladie, maternité, accident du travail : le principe reste le même, compenser une partie du salaire pendant la période d’inactivité. Côté employeur, ce n’est pas qu’une formalité : on parle de trésorerie, de délais, de subrogation… et donc de risques d’erreurs bien réelles.
Dans ce guide, on fait le tri. Comment calculer les IJSS (bases, plafonds, jours de carence), quand et comment les verser, et surtout comment les déclarer proprement (paie, DSN) pour éviter les déconvenues et les régularisations qui piquent. Bref, l’essentiel à connaître pour payer juste — et déclarer sans faux pas.
Table des matières
1. Qu’est-ce que les IJSS et verser et déclarer les IJSS ?
Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) sont des sommes versées par l’Assurance Maladie pour compenser une partie du salaire perdu quand un salarié est en arrêt de travail. Dit autrement, c’est un revenu de remplacement — pas un double salaire, ni une aumône — qui maintient un niveau de ressources pendant une incapacité temporaire d’exercer.
Les principaux types d’IJSS
- IJSS maladie
Versées lorsqu’un arrêt concerne une maladie non professionnelle. - IJSS maternité, paternité ou adoption
Allouées durant les congés correspondants, selon le calendrier légal. - IJSS accident du travail / maladie professionnelle (AT/MP)
Spécifiques aux arrêts liés à un événement professionnel. Elles sont, en pratique, plus protectrices (pas de carence, traitement plus rapide).
Versement et subrogation
Le paiement peut aller directement au salarié. Il peut aussi être reçu par l’employeur lorsqu’il pratique la subrogation : l’employeur maintient le salaire, perçoit les IJSS à la place du salarié, puis les intègre dans la paie. C’est utile pour la trésorerie du salarié… mais cela exige une paie propre et des déclarations sans faute.
2. Les conditions pour bénéficier des IJSS
L’ouverture du droit n’est pas automatique. Plusieurs critères et formalités encadrent le versement.
Conditions générales
- Être affilié à la Sécurité sociale depuis au moins 1 an.
- Avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 derniers mois, ou avoir cotisé sur un salaire équivalent à 1 015 fois le SMIC horaire (au 1er janvier 2025, soit environ 11 535 € bruts sur les 3 derniers mois).
Formalités à respecter
- L’arrêt doit être prescrit par un médecin.
- Le salarié transmet les volets 1 et 2 de l’arrêt à la CPAM sous 48 heures (sauf envoi électronique par le praticien).
- L’employeur envoie l’attestation de salaire via Net-entreprises pour permettre le calcul des IJSS.
Délai de carence
- Maladie non professionnelle : 3 jours de carence (non indemnisés).
- Aucun délai de carence pour les AT/MP, la maternité, ou en cas de reprise d’un arrêt maladie dans les 48 heures.
En clair : droits ouverts + formalités dans les temps = indemnisation qui tombe sans à-coups. Le reste (subrogation, paie, DSN) relève surtout de la méthode.
Arrêt de travail pour maladie : les indemnités journalières du salarié | ameli.fr | Assuré
Renseigner une attestation de salaire IJ en EFI
3. Calcul des IJSS
Comprendre le calcul, c’est éviter les à-peu-près sur la fiche de paie. Les montants varient selon la nature de l’arrêt (maladie, maternité, AT/MP) et s’appuient sur un salaire de référence.
Salaire de référence
- Base de calcul : moyenne des salaires bruts soumis à cotisations des 3 mois précédant l’arrêt (hors primes annuelles).
- Temps partiel / horaires variables : on reconstitue un salaire de référence cohérent avec les heures réellement travaillées.
Méthode de calcul (selon le type d’arrêt)
- Maladie : 50 % du salaire journalier de base, plafonné à 1,8 × le SMIC.
- Maternité / paternité / adoption : 100 % du salaire journalier de base, dans la limite du PMSS.
- Accident du travail / maladie professionnelle (AT/MP) :
- 60 % du salaire journalier de base du 1er au 28e jour,
- puis 80 % à partir du 29e jour.
- Aucune carence.
Délai de carence
- Maladie : 3 jours non indemnisés.
- AT/MP : aucun.
- Maternité / paternité : aucun.
Cas particuliers à connaître
- Temps partiel thérapeutique : les IJSS complètent le salaire réduit.
- Maintien de salaire : si l’employeur maintient, il peut demander la subrogation pour percevoir directement les IJSS et les imputer en paie.
4. Le versement des IJSS
Deux circuits, deux logiques. L’important est de choisir celui qui fluidifie la trésorerie… et la paie.
Versement direct à l’assuré
- La CPAM paie directement le salarié.
- Les virements arrivent en général toutes les deux semaines (rythme indicatif).
Subrogation (l’employeur encaisse pour le salarié)
- L’employeur maintient le salaire et reçoit les IJSS à la place du salarié.
- Condition clé : attestation de salaire envoyée rapidement via Net-entreprises.
En paie : présentation propre, sans double paiement
- Les IJSS subrogées doivent apparaître distinctement sur le bulletin.
- Elles sont déduites du brut (ou neutralisées via lignes dédiées) pour éviter le doublon entre maintien et indemnités.
5. La déclaration des IJSS
Dès qu’il y a subrogation, la DSN devient le passage obligé pour tracer correctement les flux.
Bloc DSN concerné
- Bloc 52 : déclaration du montant brut des indemnités journalières subrogées.
Traitement fiscal et social (rappel utile)
- IJSS maladie : imposables, CSG/CRDS dues.
- IJSS AT/MP : généralement non imposables, mais CSG/CRDS applicables.
- IJSS maternité : imposables.
Points de vigilance
- Omission de déclaration : risque de redressement URSSAF.
- L’assiette des cotisations doit exclure les IJSS perçues (les montants ne doivent pas regonfler artificiellement le brut).
En bref : un salaire de référence propre, un choix clair de circuit de versement, et une DSN carrée — c’est la recette pour des IJSS justes et des contrôles sereins.
Gérer les absences du salarié (maladie, accident du travail…) – Urssaf.fr
6. Points d’attention et erreurs à éviter
Gérer les IJSS paraît simple sur le papier. En paie, c’est autre chose : délais serrés, champs DSN tatillons, subrogation à caler sans doublon. Voici les pièges qui font dérailler… et comment les désamorcer.
Attestation de salaire non transmise
Sans attestation, la CPAM ne calcule rien. Résultat : indemnités bloquées, salarié à découvert, confiance qui s’effrite.
À faire : déclencher l’attestation dès réception de l’arrêt (workflow Net-entreprises + contrôle de complétude).
Déclaration DSN imprécise
Montants décalés, périodes mal bornées, mauvais usage du bloc 52 : c’est le combo gagnant pour un désalignement CPAM/URSSAF.
À faire : verrouiller un modèle DSN dédié IJSS, champs pré-remplis, double lecture avant envoi (montant brut subrogé, dates d’arrêt).
Délais ignorés
L’arrêt part à la CPAM sous 48 h, pas “quand on peut”. Chaque jour de retard, c’est un versement qui glisse.
À faire : horodater la réception des arrêts, relance automatique J+1, suivi des pièces manquantes.
Subrogation mal paramétrée
Ne pas afficher les IJSS subrogées au bulletin, ou ne pas les neutraliser du brut, produit des doublons et des charges incohérentes.
À faire : lignes dédiées « IJSS subrogées » + ligne de neutralisation ; test sur un bulletin zéro avant déploiement.
Salaire de référence bancal
Primes exceptionnelles intégrées, temps partiel mal reconstitué, prorata hasardeux… le montant d’indemnité s’en trouve faussé.
À faire : périmètre clair (3 derniers mois soumis cotisations, hors primes annuelles) et fiche de calcul tracée.
Traçabilité et archivage insuffisants
Sans pièces, impossible d’expliquer un écart à la CPAM ou en contrôle URSSAF.
À faire : dossier IJSS par salarié (arrêt, attestation, calcul, DSN, preuves d’envoi) conservé selon la politique d’archivage.
Communication interne défaillante
RH, paie, managers et salarié ne partagent pas toujours la même information (dates, reprises, temps partiel thérapeutique).
À faire : point hebdo « arrêts en cours », validation des dates de reprise, consignes écrites en cas de rechute < 48 h.
Contrôles de paie insuffisants
Les erreurs d’IJSS se nichent dans les détails : libellés, assiettes, cumul imposable, CSG/CRDS.
À faire : check-list de fin de mois (présentation au bulletin, exclusion de l’assiette, cohérence, cumul imposable/social).
Un employeur est-il obligé de pratiquer la subrogation ?
Non. C’est facultatif, mais recommandé lorsqu’il y a maintien du salaire.
Peut-on cumuler IJSS et complément employeur ?
Oui. C’est le principe du maintien de salaire, à condition de ne pas dépasser le salaire net habituel.
Les IJSS sont-elles toujours imposables ?
Non. Les IJSS maladie et maternité le sont, mais les IJSS AT/MP ne sont généralement pas imposables.
Où envoyer l’attestation de salaire ?
Elle doit être transmise via Net-entreprises.fr, ou exceptionnellement par courrier à la CPAM.
La méthode complète pour calculer les IJSS et le maintien salaire !
Les IJSS ne pardonnent ni l’à-peu-près ni l’improvisation. Un calcul propre, des délais tenus, une DSN carrée et une subrogation bien cadrée : c’est la base. Ajoutez une traçabilité rigoureuse et un dialogue fluide avec le salarié, et vous transformez un sujet à risques en routine maîtrisée.
En cas de doute, faites valider vos paramétrages par un spécialiste paie. — Il vaut mieux un contrôle préventif qu’une régularisation qui coûte en trésorerie comme en confiance.